W 1209 roku św. Franciszek z Asyżu założył nowy zakon w Kościele. Siebie i swoich towarzyszy nazywał braćmi mniejszymi (łac. fratres minores) – chciał przez to podkreślić, że ich życie ma polegać nie na wywyższaniu się, ale na świadomym wyborze małości (łac. minoritas), uniżoności. Do takiej postawy zachęcał Chrystus w Ewangelii, a Franciszek nakazał w regule praktykować życie w ubóstwie i uniżeniu. Pierwszych zakonników nazywano Pokutnikami z Asyżu, dopiero później przyjęła się nazwa franciszkanie (od imienia św. Franciszka). Do XV wieku istniał jeden zakon franciszkański. W wyniku uwarunkowań na tle kulturowym, historycznym, geograficznym oraz na skutek różnic w praktycznym stosowaniu reguły, w XV i XVI w. wyłoniły się istniejące do dzisiaj trzy niezależne zakony franciszkańskie: Zakon Braci Mniejszych, Zakon Braci Mniejszych Konwentualnych i Zakon Braci Mniejszych Kapucynów.
Założycielem zakonów franciszkańskich jest św. Franciszek z Asyżu (1182 – 1226). Był on synem bogatego kupca Piotra Bernardone. Pod nieobecność Ojca, który wyjeżdżał za granicę w celu zakupienia nowych tkanin, matka Pica Bernardone na Chrzcie świętym nadała Franciszkowi imię Jan. Jako młodzieniec prowadził życie beztroskie. Marzył o rycerskiej sławie, chętnie wiec wziął udział w 1202 roku w bitwie Asyżan z mieszkańcami sąsiedniego miasta Perugii, co skończyło się dla niego krótką niewolą. Wróciwszy chory do domu, przeżył wielki przełom duchowy. Zerwał z tym wszystkim, co dotychczas było treścią jego życia, oddając się całkowicie Bogu.
Usłyszawszy polecenie Chrystusa ukrzyżowanego: “Franciszku, idź i odbuduj mój kościół, gdyż popada w ruinę!”, odrestaurował własnymi rękami kilka zniszczonych kościołów w okolicy Asyżu, m.in. Porcjunkulę i kościół św. Damiana. Pozbywając się wszystkiego, co posiadał, żył odtąd jak pustelnik.
W 1208 roku w położonym koło Asyżu kościółku Matki Bożej Anielskiej, zwanym Porcjunkulą, uświadomił sobie, iż Bóg wzywa go do duchowej odnowy Kościoła. Środkiem do tego ma być ewangeliczne życie w ubóstwie i apostolstwo, na wzór Chrystusa i Apostołów. Odziany w zgrzebny habit, przepasany sznurem, zaczyna głosić słowo Boże. Przy tym nie zaniedbuje posługi miłosierdzia względem chorych, najbardziej wówczas cierpiących i opuszczonych, mianowicie trędowatych. Dotychczas był sam, często niezrozumiany i wyśmiewany, teraz jednak zaczęli się do niego przyłączać coraz liczniejsi naśladowcy, a także naśladowczynie. W ten sposób stał się założycielem trzech zakonów: braci mniejszych – zwani potocznie franciszkanami (1209), ubogich Pań – siostry klaryskinbsp;(1211) i tercjarzy – Franciszkański Zakon Świeckich (1221).Św. Franciszek Św. Franciszek nie przyjął święceń kapłańskich, a jedynie diakonat. W skład wspólnoty jego naśladowców wchodzili zarówno kapłani, jak i świeccy.
We wrześniu 1224 r. podczas pobytu na górze La Verna Franciszek otrzymał stygmaty na dłoniach, stopach i na boku. Jest to pierwszy w historii udokumentowany fakt stygmatyzacji. Zmarł 3 października 1226 roku w Porcjunkuli. 15 lipca 1228 r. kanonizował go w Asyżu papież Grzegorz IX.
Św. Franciszek znany jest jako człowiek najbardziej podobny do Chrystusa, „pierwszy po Jedynym”, brat uniwersalny, człowiek pokoju i pojednania, Biedaczyna, miłośnik ubogich, trubadur stworzenia.
To prawda. Franciszek z Asyżu był jednak przede wszystkim mistykiem, prawdziwym kontemplatorem, zakochanym w Chrystusie ubogim i ukrzyżowanym. Franciszek był nie tylko człowiekiem, który się modlił, ale, jak mówi jego biograf Tomasz z Celano, był „człowiekiem, który stał się modlitwą”. Obecność Boga przemieniała go, aż uczynił go „innym Chrystusem”.
