W Kościele katolickim sanktuarium stanowi przestrzeń uznaną za miejsce święte, w której w sposób szczególny Bóg udziela swojej Łaski. Zazwyczaj sanktuarium to kościół lub jego część. W Kościele katolickim istnieją sanktuaria erygowane, tzn. takie, których istnienie usankcjonowała kompetentna władza kościelna oraz takie, które nie posiadają takiego statusu (np. parafialne, lokalne, regionalne).
Erygowane sanktuarium katolickie musi posiadać własnego rektora lub innego przełożonego, którego zadaniem jest troska o pielgrzymów, zapewnienie im swobodnego dostępu do form kultu w formie liturgicznej (sakramentów), jak też do praktykowania pobożności ludowej. Do przełożonego sanktuarium należy również gromadzenie i strzeżenie dokumentacji sanktuarium oraz wotów.
Kodeks Prawa Kanonicznego dzieli sanktuaria erygowane ze względu na władzę, która je ustanowiła:
• diecezjalne (erygowane przez biskupa diecezjalnego)
• narodowe (przez Konferencję Episkopatu)
• międzynarodowe (przez Stolicę Apostolską).
Współczesna katolicka teologia moralna stosuje powszechnie definicję sumienia określoną przez Sobór watykański II, w której ma zastosowanie metaforyczne odwołanie do sanktuarium:
Sumienie jest najtajniejszym ośrodkiem i sanktuarium człowieka, gdzie przebywa on sam z Bogiem.